La storia degli si svolge nell'anno 2017 a. t. b. , a cavallo fra la prima e la seconda serie, quando il Giappone comincia ad accusare colpi dopo la sparizione e la presunta morte di Zero, alter ego di Lelouch a capo dei Cavalieri Neri. La trama prende piede nella superpotenza Euro Universe, la quale, soverchiata dall'aggressiva campagna militare del Sacro Impero di Britannia, spera di cambiare...