Il Principe di Persia abbandona l'Isola del Tempo per tornare a Babilonia, portando con sè numerose ferite e l'amata Kaileena, l'enigmatica Imperatrice del Tempo. Ma al posto della pace che tanto bramava, trova il suo regno devastato dalla guerra e scopre, inoltre, che Kaileena è il bersaglio di un malvagio complotto. Quando lei viene rapita, il Principe la insegue fino al Palazzo...